1952年8月,，華東軍政委員會教育部制定《華東區(qū)高等學(xué)校院系調(diào)整方案》（草案）。方案規(guī)定：南通學(xué)院農(nóng)科獨立改設(shè)蘇北農(nóng)學(xué)院,，遷至揚州,；紡織科紡織,、染化二系調(diào)整至華東紡織工學(xué)院；醫(yī)科獨立改設(shè)蘇北醫(yī)學(xué)院,，設(shè)于南通學(xué)院原址,。

公立蘇北醫(yī)學(xué)院于1956年更名為“南通醫(yī)學(xué)院”，1957年更名為“蘇州醫(yī)學(xué)院南通分部”,，1958年恢復(fù)“南通醫(yī)學(xué)院”校名,。